Foi em Crotona, cidade dórica da Magna Grécia situada no golfo de Tarento, no sul da península itálica, que Pitágoras, já por volta de seus 55 anos de idade, fundou sua Escola de Mistério. O pitagorismo fazia preservar tanto a milenar tradição grega dos ritos órficos de iniciação, como detinha outros segredos que o mestre fora buscar no Egito e no Oriente Médio ao longo de 34 anos de andanças e exílio.

O Senado de Crotona, em princípio contrário à fundação da Escola, aquiesceu após ouvir do mestre uma explanação acerca de seus propósitos de formar um instituto voltado à formação dos jovens, preparando-os para uma vida regrada nos princípios da moral e da justiça, para que melhor pudessem servir à sociedade e ao Estado. Por detrás desta determinação pedagógica estava a pretensão de melhorar sensivelmente o mundo a partir da transformação de cada ser humano, de modo a fundamentar gradativamente sobre os ideais filosóficos e religiosos do orfismo toda uma complexa organização política que, começando por Crotona, poderia estender-se pelas demais cidades de todo o império grego. Pitágoras, com sua eloqüência sincera os convencera a todos, mostrando que longe de ameaçar a Constituição de Crotona, a criação de sua Escola prestar-se-ia mais a alicerçá-la.

Com apoio dos cidadãos mais ricos e dos mil políticos mais influentes (os do Conselho de Crotona), em poucos anos o instituto pitagórico estava erguido. A população que o freqüentava batizou-o de Templo das Musas, posto que as nove musas das artes e das ciências achavam-se representadas em seus jardins, todas voltadas para a estátua de Héstia (Vesta para os romanos), musa central que simbolizava o fogo sagrado, para Pítagoras o princípio eterno de todas as coisas manifestas. No Templo de Héstia, a chama sagrada era mantida permanentemente acesa, alimentada pelos discípulos, a representar a luz da divindade maior, cuja imanência de vida a tudo sempre perpetrava. O instituto pitagórico, se funcionasse hoje, seria declarado serviço de utilidade pública, pois além de servir como escola de jovens e academia de ciências, mantinha seus imensos pórticos sempre abertos, e seu amplo espaço delimitado por cerca viva de heras recebia diariamente pessoas que ali vinham passear e ouvir preleções, principalmente se proferidas por seu enigmático mestre, cuja personalidade se mostrava ao mesmo tempo austera e carismática, e cuja sabedoria sustentava-se sobre milenares verdades.

Pitágoras nasceu por volta de 580 a.C., em Samos, uma das ilhas gregas do mar Egeu. Mnesarco, seu pai, era ourives; sua mãe, Partênis, cuidava do lar. Durante a gravidez, o casal fora se consultar com o Oráculo de Delfos acerca do esperado nascimento, e a pitonisa lhes teria dito: "Vosso filho será aquele que nos será útil a todos e por todos os tempos!". Tendo completado seu primeiro ano de vida, em cumprimento à promessa que fizera em Delfos, sua mãe levou o menino para ser abençoado no Templo de Adonai, situado em terras que hoje são o Líbano. Ali, o sacerdote soltaria a semente de seu destino: "Foi dos céus que tu vieste, e tua alma banhar-se-á na luz que nasce no oriente". Dezoito anos mais tarde, sempre educado por bons professores que a profissão de seu pai garantia pagar (dentre eles o sábio Hermodamos), e notado por muitos como gênio precoce, já que discutia com Tales e Anaximandro, ambos mestres em Mileto, Pitágoras sentiu o forte desejo de procurar a fonte da sabedoria, o berço de onde saíra o primeiro rebento da verdade. Refletindo sobre a máxima do Templo de Adonai, inúmeras vezes sussurrada por sua mãe em seus ouvidos, o jovem decidira-se: "Vou para o Egito!".

Por essa época, o tirano de Samos, Polícrates, era amigo de seu pai. Por coincidência, o governante tinha boas relações com o faraó Amasis, pois se estimavam mutuamente, e apressou-se em dar ao prodigioso rapaz uma carta de recomendações com seu timbre pessoal, pedindo que fosse educado pelos melhores sacerdotes de Amon. Amasis o recebeu com simpatia. Pitágoras levou a ele três peças de prata como cortesia, feitas por seu pai, e recebeu em troca uma viagem a Heliópolis, onde seria admitido nos Mistérios.

Mas os sacerdotes egípcios, não acostumados a partilhar sabedoria, mostraram-se reticentes em relação ao estrangeiro, principalmente por se tratar de um grego, de cujas intenções os egípcios sempre desconfiavam. Ironicamente, pronunciaram-se incapazes de ensinar alguma coisa àquele que já era tido como um dos maiores sábios de Samos, ainda que tão jovem. Remeteram-no então aos pontífices de Mênfis, mais velhos e experientes, para que pudessem cumprir os desígnios do faraó. Estes, por sua vez, fizeram o mesmo mandando o rapaz a seus superiores, os severos sacerdotes de Tebas, que, estando no topo da escala de importância, mesmo a contragosto, acabaram tendo de aceitar o aprendiz. Com o passar do tempo, entretanto, Pitágoras caiu nas graças de seus preceptores, os quais passaram a enxergá-lo como autêntico neófito, capaz de enfrentar as provas com coragem e disciplina. Por isso foi considerado merecedor dos segredos iniciáticos a envolver os ensinamentos do Livro de Thot (ou de Hermes Trimegistus) além da prática de magia e teurgia. Seu aprendizado no Egito duraria 22 anos, durante os quais pôde aguçar seu senso de determinação. Encontrou na ciência dos números a compreensão do universo, e na arte de treinar a vontade, uma preciosa chave dos Mistérios.

Já pensava em retornar à Grécia quando o Egito sofreu a conquista dos persas, chefiados por Cambises, que ostentava as coroas de Nínive e da Babilônia. Os templos de Mênfis e de Tebas foram destruídos; o faraó Psamenit, sucessor de Amasis, foi aprisionado junto de familiares e outros nobres, e morreram decapitados. Mas ao deparar-se com Pitágoras, percebendo suas capacidades, Cambises preferiu enviá-lo junto de outros sacerdotes à Babilônia, para que lá permanecessem exilados.

Destarte, o destino reservara a Pitágoras uma espécie de pós-graduação esotérica compulsória, já que por outros cabalísticos 12 anos permaneceu preso na antiga Babel, verdadeiro centro cosmopolita, onde persas, caldeus, assírios, fenícios, tártaros, sírios e tantos outros povos da Ásia Menor conviviam numa verdadeira miscigenação religiosa e de costumes. Também judeus aprisionados por Nabucodonosor aí se encontravam, nem por isso deixando de praticar seu culto. O profeta bíblico Daniel, deportado à Babilônia em 587 a.C., é exemplo de judeu que, de escravo, foi promovido a ministro do rei persa.

Pitágoras pôde então iniciar-se na astrologia dos caldeus, confrontar sua geometria com a dos fenícios, e interessou-se pela prática ocultista dos sacerdotes magi, uma das seis tribos da Ásia Menor, expoentes na arte da magia, de onde, aliás, se deriva tal palavra. Teria ainda, segundo alguns comentaristas, conhecido pessoalmente o sábio persa Zaratrusta, que o influenciou notavelmente, haja vista que vários aspectos dos ensinamentos de Crotona baseiam-se na doutrina dualista, fruto da diferenciação do ponto primordial. O filósofo Aristóteles, pouco mais tarde, comentaria o dualismo pitagórico, segundo o qual a partir da unidade se depreenderia toda a pluralidade das formas e coisas viventes. E nos cita fartos exemplos dela em sua Metafísica I, 5: "delimitado, ilimitado; ímpar, par; uno, múltiplo; direita, esquerda; masculino, feminino; imóvel, agitado; reto, curvo; luz, trevas; bom, mau; quadrado, oblongo".